내년부터 고용이 증가하는 창업중소기업의 소득세·법인세 등 세액감면율이 인상된다. 다만 2026년 1월부터는 인천 송도, 청라, 영종도, 경기도 용인, 화성 등 일부 수도권 지역에서 창업한 중소기업의 세액감면율은 줄어든다.

기획재정부는 31일 '2025년 이렇게 달라집니다'를 통해 이같은 내용의 창업중소기업 세액감면 제도 변경 방안을 발표했다.

현행 세법에 따르면, 정부는 제조업 등 20개 업종에서 지역조건 등을 충족한 창업중소기업에 한해 5년간 사업소득에 대한 소득세 또는 법인세의 50%를 감면해주고 있다.

정부는 여기에 추가로 상시근로자가 증가할 경우 증가율의 50% 만큼 세액을 감면해줬다. 기재부는 내년부터는 상시근로자 증가에 따른 감면율을 상시근로자 증가율의 100%로 높이기로 했다. 다만 특정 기업에 세액 감면이 과도하게 집중되지 않도록 연간 감면 한도는 5억원으로 한정했다.

반면 정보서비스업, 영상제작업, 관광업 등 신성장서비스업에 대해 제공되던 25%포인트의 우대 감면 제도는 2025년부터 종료될 예정이다. 기재부는 업종간 형평성 제고를 위한 조치라고 설명했다.

아울러 2026년 1월 1일부터는 인천 송도, 청라, 영종, 화성(동탄), 용인 등과 같은 과밀억제권역이 아닌 수도권의 창업중소기업의 세액감면율도 낮아진다. 현재까지는 일반기업은 50%, 청년·생계형 기업은 100%가 감면됐다. 이를 앞으로는 일반기업 25%, 청년·생계형 기업은 75%만 감면한다는 설명이다.
벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세특례 연장한편 기재부는 벤처기업 재직자들의 주식매수선택권(스톡옵션) 행사 이익에 대한 소득세에 비과세 등의 세제특례도 연장하기로 했다. 스톡옵션 행사 이익에 대한 세제특례는 당초 올해 12월31일 종료 예정이었다. 기재부는 이를 2027년 12월31일까지 연장하기로 했다.

스톡옵션 행사 관련 세제특례는 행사 이익에 대해 연 2억원 한도의 행사이익에 대한 소득세 비과세, 연 2억원 한도 초과 행사이익에 대한 소득세의 5년간 분할납부 제공 등이다. 또 과세이연 특례로 연 2억원 한도를 초과한 행사이익에 대한 소득세를 양도시점에 양도소득세로 납부하는 것도 가능하다.

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